Nikiel może występować w wodzie w postaci rozpuszczonej, jako dwuwartościowy kation lub jony kompleksowe – najczęściej w postaci kompleksu cyjankowego, oraz w formie nierozpuszczonej jako cyjanek, siarczek, węglan, wodorotlenek.
Do wód powierzchniowych dostarczany jest ze ściekami, szczególnie z przemysłu metalurgicznego i galwanizerni.
Przy podwyższonych stężeniach wywołuje przede wszystkim uszkodzenia wątroby i może wykazywać działanie rakotwórcze. Należy do metali mogących reagować z DNA (kwasem dezoksyrybonukleinowym) - nośnikiem kodu genetycznego i powodować jego uszkodzenie. Wynikać z tego mogą różne zmiany mutagenne.
Wykazuje dużą szkodliwość w stosunku do skóry, wywołując specyficzne egzemy, zaczerwienienia i pęcherze.
Wartości maksymalna dopuszczalna zawartości niklu w wodzie wynosi 0,020 mg/l.